巴州区地形复杂，大概可分为三个地貌区：(一)米仓山南坡中山区。包括南江大部，通江北部，米仓山由西向东南绵亘于本市北部边缘，山脊起伏蜿蜒，海拔2000～2200米，相对高差可达1000米。西有光雾山海拔2507米，东有挂宝岩2088．6米，光雾山为本市最高峰。(二)北部低山。包括巴州区和平吕全部，通江大部，南江南部，这些地方经流水切割后形成台状、桌状方山或低山，海拔600～1600米，相对高差200～1000米。(三)丘陵地带。主要分布于巴州、平吕的河岸地带，深丘居多，间杂有成片的冲积平坝。