全区森林面积7.5万公顷，森林覆盖率达46%，境内有鸟类30多种，兽类20多种，鱼类20余种。座落在城郊的南龛山，树木葱茏，花草争艳，已开辟成集自然景观和人文景观于一体的综合性公园。距城区17公里的枣林乡阴灵山，占地面积5000余亩，山势峥荣，顶峰三面悬岩，唯一通幽，山间多古树奇石，被誉为“川北胜秀”。由老土地、四方碑、天马山、五马槽四大景区组成的南阳森林公园，雄险秀丽，苍松翠柏，千姿百态，荒美幽古。

　　巴州区是一个中药材资源十分丰富的产区，是秦巴山区主要的中药材基地。境内拥有家、野生品种526种，隶属于138科，其中以川明参、虎杖、淫羊藿、银杏、天麻、黄柏、杜仲等多种名优中药材。